Manuel Morgenthaler wurde 1976 in Lörrach geboren, wuchs in Tübingen auf und erhielt Unterricht bei E. Manyak und Mike Svoboda.
Er studierte Bassposaune an der Hochschule für Musik Detmold bei Prof. Heinz Fadle und Prof. Kricke. Während des Studiums gewann er den 2. Preis beim internationalen Veltins-Wettbewerb des Sauerländer Herbstes sowie den Emory Remington Award der International Trombone Association mit Konzerten in Utrecht.
Parallel zu seinem Studium erhielt er Unterricht bei Ben van Dijk (Rotterdam Philharmonic) und schloss es 2001 mit Diplom ab.
Ab 2000 war er als Praktikant an den Städtischen Bühnen Münster für Wechselposaune, und ab 2001 als Bassposaunist mit Verpfl. zur Kontrabassposaune am Landestheater Detmold engagiert.
Konzertreisen führten ihn in die USA, Spanien, Italien, Russland und Österreich. Gastengagements führten ihn u.a. zu den Dortmunder Philharmonikern, den Bielefelder Philharmonikern, dem Staatsorchester Kassel, der Nordwestdeutschen Philharmonie Herford, dem Beethoven-Orchester Bonn und dem Staatsorchester Oldenburg.
2012 war er Mitbegründer von „Symphonic Brass“.